Фамилия Карайсенли — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка зашито прямо в основе. С высокой долей вероятности её корни ведут в тюркскую среду, а именно к топониму Карайсенли или Кара-Исенли. Такое название могло принадлежать селу или аулу в Крыму, на Кавказе или в Азербайджане. В тюркских языках «кара» означает «чёрный», а «йисен» (или «исен») — «полынь», то есть «чёрная полынь» или «полынное место». Формант -ли/-лы в тюркских языках — типичный аффикс принадлежности, указывающий на связь с местом: «из Карайсенли», «карайсенлинский».

Таким образом, фамилия Карайсенли — это не прозвище по черте характера или занятию, а указатель на малую родину предка. Носитель такой фамилии, скорее всего, потомок человека, который переселился из населённого пункта с этим названием и получил прозвание по месту выхода. В Российской империи подобные фамилии на -ли/-лы нередко оформлялись уже на русской почве, но могли сохраниться и в исходном виде у тюркоязычных народов, особенно у крымских татар или азербайджанцев.

Словообразовательная модель здесь нетипична для русской фамильной системы, где преобладают суффиксы -ов, -ев, -ин. Карайсенли — пример так называемой «географической» фамилии, которая не меняла окончание при адаптации. Встречаются варианты написания: Кара-Исенли, Карайсенлы, но исходная форма устойчива.

Если у предка не было документально зафиксированной фамилии, её могли дать при переписи или при получении паспорта, отталкиваясь от названия родного села. В Крыму, например, известно несколько топонимов с корнем «кара» и «исен», что делает эту версию основной. Попытки связать фамилию с личным именем Исен (Исан) или с арабским «хасан» («красивый») менее убедительны — аффикс -ли жёстко привязывает основу к месту, а не к человеку.

Итог: Карайсенли — топонимическая фамилия, указывающая на происхождение из местности, где росла чёрная полынь. Носители такой фамилии — выходцы из тюркоязычных регионов, вероятнее всего, из Крыма или Закавказья.