Фамилия Кардинен — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В русском языке нет очевидной основы «кардин», поэтому первая и наиболее вероятная версия — иноязычное происхождение, скорее всего, финно-угорское. Фамилии с таким финальным -ен характерны для регионов, где исторически жили карелы, финны, вепсы или коми. В русской ономастике суффикс -ен может быть адаптацией финского суффикса -nen, который образует фамилии по принципу «чей-то сын» или «выходец откуда-то». Например, финские фамилии Корхонен, Виртанен — все они оканчиваются на -нен. В русской записи двойное «нн» могло упроститься до одного, а написание «Кардинен» — это русифицированная передача.

Если отталкиваться от этой модели, основа «Карди» может восходить к финскому или карельскому слову. Например, karda (карел.) — «рука», или karti — «чертёж, план». Впрочем, возможна и связь с личным именем или прозвищем. В Карелии и соседних областях России фамилии на -ен встречаются у потомков местных крестьян и мещан, которые получили фамилии при переписях в XIX веке.

Вторая версия — искусственное или канцелярское происхождение. В XIX веке при составлении ревизских сказок писаря могли искажать фамилии на слух. Фамилия могла возникнуть из прозвища «Кардинал» или из слова «кардинальный» (от лат. cardo — «стержень, основа»), но тогда мы бы ожидали форму «Кардиналов» или «Кардинский». Вариант «Кардинен» выглядит скорее как западная, прибалтийская или финская адаптация, чем как русская.

Географически фамилия Кардинен встречается в единичных случаях, что подтверждает её локальный характер. Скорее всего, предки носителя этой фамилии жили на северо-западе России, в Карелии, Ленинградской области или в бывшей Выборгской губернии. Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её носители — потомки небольшой группы людей, возможно, переселенцев из Финляндии или карелов.