Фамилия Карканицын — редкая и нестандартная по своему звучанию. В ней сразу бросается в глаза суффикс -ицын, который в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно он характерен для отчеств от женских прозвищ или имен, оканчивающихся на -ица: например, Улицын (от Улита), Курицын (от Курица). Это значит, что в основе фамилии лежит прозвище или имя Карканица.

Самая прямая версия — прозвище Карканица могли дать человеку с хрипловатым, резким голосом, который напоминал карканье вороны. В говорах «каркать» означало не только кричать по-вороньи, но и в переносном смысле — пророчить беду, накликать несчастье. Так могли называть ворчливого, угрюмого человека или того, кто любил отпускать мрачные предсказания. Суффикс -ица в прозвище мог указывать на носителя признака (ср. «кривица» — кривая, «скупица» — скупой). Соответственно, Карканица — это человек, который постоянно «каркает».

Менее вероятна, но возможна связь с названием птицы. В некоторых диалектах «карканица» могла быть местным именем для вороны или галки. Тогда прозвище давали по внешнему сходству — за черные волосы, сутулость или манеру поведения.

Фамилия образована по типичной для XVI–XVII веков модели: сначала возникло отчество по отцу — «Карканицын сын», то есть сын Карканицы. Суффикс -ин превратился в -ицын под влиянием основы: от слов на -ица отчества звучали как «Карканицын» (сравните: «от Курицы — Курицын»). Со временем отчество закрепилось как фамилия.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал, по данным современных телефонных справочников и архивов, — центральные и северные области России, в частности Костромская и Вологодская губернии. В этих краях говор сохранял множество старых прозвищных форм, которые редко попадали в официальные документы и потому остались в единичных семьях.

Сословная принадлежность предков Карканицыных, скорее всего, крестьянская или посадская. Фамилии с суффиксом -ицын редко встречались у дворянства: они формировались в среде, где прозвище было более ходовым, чем каноническое имя. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией нет, что только подтверждает ее исключительно народное, бытовое происхождение.