По одной из версий, фамилия Карлышева происходит от прозвища Карлыш. Скорее всего, в его основе лежит нарицательное «карла» (уменьшительная форма от «карлик»). Поскольку в русском языке такого имени нет, можно предположить, что предок Карлышевых был сыном шведа, немца или другого иностранца по имени Карл. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Карлыш, со временем получил фамилию Карлышева.