Фамилия Карнецкие звучит как типичная фамилия-прилагательное, образованная по польско-белорусской модели с суффиксом -цк-/-ск-. В русской традиции такие фамилии чаще всего заканчиваются на -ский/-цкий и указывают на географическое происхождение: предок был либо владельцем, либо уроженцем места с названием Карнец, Карна, Карница или похожим.

Самая прямая версия — топонимическая. В Польше и Западной Беларуси есть несколько населённых пунктов с корнем «карн-»: деревня Карне (Karne) или Карнево. Суффикс -ец- (в основе Карнец) мог превратиться в притяжательное прилагательное: «из Карнец» — Карнецкий. В польском языке фамилия Karnicki встречается и сегодня, а её русское написание «Карнецкий» закрепилось в документах Российской империи, где часто полонизмы адаптировали на слух.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — от личного прозвища или имени. В древнерусском языке «карный» означало «наказанный» или «покаранный» (от «кара»), а суффикс -ец- мог дать «карнец» — человек, пострадавший от наказания или связанный с карой. Однако в фамилиях на -цкий такое прозвище встречается редко: суффикс чаще привязывает к месту, чем к качеству.

Интересная деталь: фамилия Карнецкие не входит в число массовых русских фамилий, её нет в сотнях самых частых списков Унбегауна. Это указывает на шляхетское или мелкопоместное происхождение носителей — в Речи Посполитой фамилии на -цкий были маркером дворянского статуса. В XIX веке многие Карнецкие могли перебраться в центральные губернии России, где их фамилия уже не звучала как однозначно польская.

Если искать однокоренные аналоги, то напрашивается сравнение с фамилией Карницкий. Разница в суффиксе: Карницкий — от основы «Карна» или «Карно», а Карнецкий — от «Карнец». В польской ономастике обе формы существуют, но вторая встречается реже. В русских метрических книгах XIX века можно встретить вариант «Карнецкій» с твёрдым знаком на конце — так писали до реформы орфографии 1918 года.