Фамилия Карникова — женская форма мужской фамилии Карников. Её основа — прозвище или нецерковное имя Карник. В русских говорах слово «карник» имело несколько значений, и фамилия могла возникнуть в разных регионах независимо.

Самое вероятное объяснение: карником называли того, кто промышлял корой — драл лыко, заготавливал корьё для дубления кож. Это был распространённый промысел в лесных губерниях: из липовой коры плели лапти, кору дуба и ивы использовали в кожевенном деле. Человек, занятый такой работой, получал прозвище Карник, а его потомки — фамилию Карниковы.

Менее распространённая версия связывает фамилию с диалектным словом «ка́рник» — поминальный пирог или обрядовая выпечка. В некоторых областях так называли скупого или прижимистого человека («карга»). Но для прозвища по профессии больше оснований: суффикс -ник в русских фамилиях часто указывает на род занятий (Скорняков, Сапожников, Плотников).

Фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России — там, где были развиты лесные промыслы. Встречается также вариант Карнико́в с ударением на последний слог, что характерно для южнорусских говоров.

Обратите внимание на редкий суффикс -ик-ов: в отличие от массовых -ов и -ин, модель с -ик встречается реже. Это может говорить о том, что фамилия сложилась не в дворянской или купеческой среде, а в крестьянской или ремесленной — там, где прозвища с -ик были особенно распространены.