Фамилия Карныгина — женская форма фамилии Карныгин, и её разбор стоит начать с суффикса. Подавляющее большинство русских фамилий на -ин образовано от основ, оканчивающихся на -а или -я. Здесь основа — Карныга, что сразу указывает на прозвищное происхождение: это не крестильное имя, а уличное или профессиональное прозвище.

Самая вероятная версия связывает Карныгу с диалектным словом «карныкать» или «карныгать» — в ряде южнорусских и среднерусских говоров так называли человека, который говорит невнятно, гнусаво, «тянет» слова, или же того, кто постоянно ноет, жалуется. В этом случае прозвище Карныга получал ворчун или человек с неразборчивой речью. Менее распространённая гипотеза возводит основу к тюркским корням: в некоторых тюркских языках «карны» означает «живот» или «утроба», и прозвище могло указывать на дородного, полного человека. Однако для центральной России, где фамилия встречается чаще, первая версия выглядит естественнее — она вписывается в ряд прозвищ по поведению и говору (Гундосов, Картавый, Шептун).

Примечательно, что фамилия Карныгин (и Карныгина) не слишком распространена. Она встречается в Поволжье, особенно в Нижегородской и Костромской областях, и в некоторых районах Сибири, куда переселенцы уходили в XVII–XIX веках. Такая география указывает на исходное бытование прозвища в среде крестьян и посадских людей — фамилии на -ин у них образовывались активно, в отличие от дворянских, где преобладали формы на -ов.

Словообразовательная модель проста: прозвище Карныга (суффикс -ыг-а, характерный для экспрессивных прозвищ) плюс притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — «сын Карныги». В документах XVII–XVIII веков можно было встретить запись «Ивашка Карныга» или «Карныгин сын», что со временем закрепилось как фамилия. Искать в фамилии Карныгина следы знатного рода не стоит — перед нами типичная крестьянская фамилия, прозвищная по корню, с житейской, непарадной историей.