Фамилия Каныгина — женская форма фамилии Каныгин, которая восходит к прозвищу Каныга. О происхождении этого прозвища существует несколько версий, и ни одну из них нельзя назвать единственно верной, что делает фамилию особенно интересной для этимолога.

Первая, самая распространенная гипотеза, связывает прозвище с нарицательным «каныга». Так называли содержимое желудка жвачных животных — полужидкую зеленоватую массу из непереваренного корма. Прозвище Каныга в этом случае мог получить человек, занимавшийся разделкой туш скота, то есть мясник или живодер. Такие прозвища по роду занятий были типичны для русских фамилий, образованных от названий профессий.

Вторая версия отсылает к сибирским говорам, где существовало слово «каньга» — «краденое, воровское заводское железо». Если это так, то прозвище Каныга могло закрепиться за нечистым на руку рабочим на заводе, промышлявшим хищениями. Слово «каньга» в этом значении — яркая диалектная черта, которая сужает географию возможного появления фамилии: скорее всего, она зародилась на Урале или в Сибири, в среде заводского населения.

Наконец, третья версия предполагает связь с диалектным «канька» — «деревянная кружка, жбанок». В таком случае Каныгой называли бондаря или мастера, делавшего деревянную посуду. Эта гипотеза менее вероятна, чем первая, но тоже имеет право на существование, так как слово «канька» фиксируется в северных и центральных говорах.

Фамилия закрепилась в XV–XVI веках, когда в среде богатых людей и служилого сословия начали передаваться по наследству именования, указывающие на принадлежность к конкретной семье. Потомок человека с прозвищем Каныга получал фамилию Каныгин (в мужском роде) или Каныгина (в женском). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Каныгин», то есть сын или дочь Каныги.

Таким образом, предки носителей фамилии Каныгина могли быть либо мясниками (разделывавшими туши), либо заводскими рабочими (не обязательно ворами, но людьми, получившими такое прозвище за характер или поступок), либо мастерами-бондарями.