Фамилия Канигина — женская форма фамилии Канигин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Канига. Слово «канига» в русских говорах имело несколько значений, и чтобы понять, кем был предок, нужно присмотреться к диалектам.

В северных и сибирских говорах «канигой» называли скупого, жадного человека, скрягу. Это значение зафиксировано в словаре Даля. Прозвище Канига мог получить либо действительно прижимистый хозяин, либо, наоборот, человек, которого в насмешку дразнили так за щедрость — в народе любили ироничные прозвища. Вторая версия отсылает к слову «канитель» (от французского cannetille — тонкая металлическая нить). В русском языке «канитель» означает затяжное, нудное дело, а «канига» могла быть искажённой формой, которую дали неторопливому, медлительному человеку.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Канигин буквально означал «сын Каниги», «человек из рода Каниги». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях, где диалектное слово «канига» было в ходу.

Однокоренные фамилии — Канигин, Канигинский, а также более редкие Канигов и Канига. В некоторых случаях фамилия могла возникнуть от тюркского имени Кани (в значении «источник», «родник») с добавлением русского суффикса, но это менее вероятно: географическое распространение и фонетика указывают скорее на славянскую диалектную основу.