Фамилия Каникин — одна из тех, где ясна словообразовательная модель, но туманна основа. Если отбросить фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Каники), остаётся корень Каник-. Это либо полное имя, либо прозвище, либо искажённое слово. Разберёмся по порядку.

Самая прямая версия — от крестильного имени Каник. В святцах такого имени нет, но это могла быть народная форма канонического имени Каллиник (от греческого «добрый победитель»). В русской традиции длинные имена нередко усекали: Каллиник превращался в Калину, Калю, а в некоторых говорах — в Каника. Если так, то Каникин означает «потомок Каника», то есть Каллиника. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилии на -ин от полных форм имён — обычное дело, и Каникин стоит в одном ряду с Ваниными, Петькиными и Сашиными.

Вторая версия — прозвищная. В северных и сибирских говорах «каникой» могли называть канюка, болотную птицу или, в переносном смысле, нытика и плаксу (от глагола «канить» — плакать, жаловаться). Однако эта версия слабее: прозвища от названий птиц обычно давали по внешнему сходству или повадкам, и в этом случае фамилия звучала бы как Каников или Канин, а не Каникин. Суффикс -ин здесь указывает на прозвище, оканчивающееся на -а: Каника.

Регионально фамилия редкая и встречается в основном в Поволжье и на Урале. Это может указывать на то, что её носители — потомки переселенцев из центральных областей, где имя Каллиник было более употребительным, чем на юге. В любом случае, версия с уменьшительной формой от Каллиника — самая логичная и не требует натяжек.