Фамилия Каникиев — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидной основой. Её образует тюркский суффикс принадлежности -ев, который в русской среде добавили к личному имени или прозвищу Каникей. Вопрос в том, что это за имя.

Первая и самая вероятная версия: Каникей — это фонетический вариант тюркского женского имени Куникей или Кюникей. В ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) «кюн» означает «солнце», а «кей» — уменьшительно-ласкательный аффикс. Имя Куникей (или Каникей) переводится как «солнышко», «солнечная». Фамилии, образованные от женских имён, в тюркской среде не редкость, особенно если мать пользовалась уважением или была единственной кормилицей. В таком случае Каникиев — потомок человека, которого в быту называли по матери: «сын Каникей».

Вторая версия связывает основу с тюркским словом «канык» (в разных диалектах — «кровный», «родной», а также «насытившийся», «довольный»). Прозвище Каник могли дать либо человеку, который приходился кому-то близким родственником, либо, наоборот, тому, кто отличался невозмутимостью и спокойствием. Суффикс -ей в этом случае — ласкательная форма, типичная для тюркских имён (ср. Каратай, Кенжебай).

Географически фамилия тяготеет к регионам смешанного русско-тюркского населения: Поволжье, Приуралье, северный Кавказ. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении — от конкретного рода или аула.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Каников, Каник, Каникеев) показывает, что форма Каникиев — самая полная, с сохранением исходного имени в почти неизменном виде. Это указывает на относительно позднюю фиксацию фамилии в документах, когда имя уже устоялось. Предки современных Каникиевых, скорее всего, были крещёными татарами, башкирами или представителями других тюркских народов, которые приняли русскую фамильную модель, но сохранили родовое прозвище.