Фамилия Каникина — женская форма фамилии Каникин, а та, скорее всего, образована от прозвища или нецерковного имени Каника. В русских говорах слово «каника» имело несколько значений, и самое вероятное из них — «праздное шатание, безделье» или «время отдыха, каникулы». В словаре В. И. Даля «каникулы» (от лат. canicula — «собачка», по созвучию с Сириусом, звездой в созвездии Пса) — это летний перерыв в занятиях, но в народной речи слово могло сократиться и переосмыслиться. Человек, которого дразнили Каникой, мог быть ленивым или, наоборот, любителем погулять.

Менее распространённая версия связывает основу с тюркскими языками: в татарском и башкирском «каник» или «кан» означает «кровь», а «каныка» — «кровожадный» или «злой». В таком случае прозвище могло закрепиться за человеком с крутым нравом или за воином. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия Каникина встречается в Поволжье и на Урале, где издавна живут тюркские народы. Однако для центральных русских областей первая версия (от «каникул») правдоподобнее.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Каникин — сын или потомок Каники. Фамилия недворянская, скорее всего крестьянская или мещанская. В переписных книгах XVII–XVIII веков подобные прозвища часто давали по поведению или характеру, а не по ремеслу. В современной России фамилия редкая, её носители живут в основном в Кировской, Нижегородской областях и в Татарстане. Если ваши предки были оттуда — скорее всего, прозвище Каника им дали за любовь к отдыху или за неуживчивый нрав.