Фамилия Каников — нечастая, но её разбор даёт чёткую картину. Скорее всего, она образована от прозвища или нецерковного имени Каник. В древнерусском языке слово «каник» имело два значения: либо «кабачок, тыква» (заимствование из греческого), либо «вид небольшого судна, лодка» (из тюркских языков). Прозвище могли дать человеку с круглой, полной фигурой или, наоборот, лодочнику, перевозчику. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель притяжательности: «сын Каника» или «из рода Каника».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с топонимом. В России существуют деревни с названием Каниково (например, в Вологодской и Костромской областях). В этом случае фамилия могла возникнуть у человека, который переехал из такой деревни, и её давали по месту прежнего жительства: «Каников» — выходец из Каникова. Но более естественным для такого случая было бы окончание -ский (Каниковский), поэтому версия с прозвищем выглядит первичной.

Обратите внимание на редкость основы. Фамилии от названий овощей или лодок встречаются нечасто, в отличие, скажем, от фамилий от профессий или крестильных имён. Это делает Каниковых носителями довольно уникального прозвища, которое могло возникнуть в крестьянской или посадской среде, где люди легко цепляли друг к другу меткие бытовые клички. В официальных документах фамилия закрепилась, скорее всего, не раньше XVII–XVIII веков, когда началась массовая фиксация фамилий у непривилегированных сословий.