Фамилия Каниковская — это женская форма фамилии Каниковский, которая, скорее всего, является фонетическим вариантом более распространённой фамилии Кониковский. В основе обеих лежит прозвище Коник. В старину так могли назвать человека маленького роста, юркого или, напротив, того, кто работал с лошадьми — конюха. Слово «коник» имело и другие значения: так называли лавку-сундук у печи или небольшой столярный инструмент, что тоже могло стать поводом для прозвища.

Однако у фамилии Каниковская есть и вторая версия происхождения — топонимическая. В России существуют населённые пункты с названием Каниково: в Алтайском крае, Саратовской и Псковской областях. Фамилия могла закрепиться за выходцем из одной из этих деревень. Суффикс -ск- в таких фамилиях (Каниковский, Каниковская) указывает на связь с местностью: так называли человека, который «из Каникова».

Модель образования типична для польской и западнорусской традиции, где фамилии на -ский/-цкий первоначально носили шляхта и дворяне, но со временем распространились и среди крестьян и мещан. Поэтому носители фамилии Каниковская могут иметь как польские, так и восточнославянские корни.

Словообразовательная цепочка выглядит так: топоним или прозвище Коник → притяжательное прилагательное Каников (чей? — принадлежащий Конику) → фамилия Каниковский (указывающая на принадлежность к роду или местности). Чередование корней Коник-/Каник- — результат исторического аканья, когда безударное «о» произносится как «а», что и отразилось на письме.

Таким образом, фамилия Каниковская хранит память либо о родовом прозвище предка, связанном с лошадьми или домашней утварью, либо о географическом происхождении — из деревни Каниково.