Фамилия Канныкин — редкий случай, когда корень слова не бросается в глаза и требует небольшого разыскания. В её основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с внешностью или характером.

Словообразовательная модель здесь проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а значит, предка звали Канныка. Само прозвище Канныка, вероятнее всего, образовано от тюркского «кан» — кровь. В тюркских языках «канны» означает «кровавый», «окровавленный», а также «кровожадный», «свирепый». Уменьшительный суффикс -ык/-ыка придаёт слову оттенок прозвища: Канныка — «тот, кто похож на кровожадного», или «красный как кровь» (например, из-за румянца или рыжих волос). В русских говорах, особенно в южных и поволжских регионах, где было сильно татарское и башкирское влияние, такие прозвища приживались.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «кан» (капкан, ловушка) или с глаголом «канать» (течь, капать). Однако тюркская версия выглядит убедительнее: фамилия Канныкин встречается в основном в районах бывшего Казанского ханства и в Западной Сибири, где тюркские корни в фамилиях — обычное дело. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова подобные образования описываются как типичные для русских фамилий тюркского происхождения, где основа на -ык давала прозвища, а затем фамилии с суффиксом -ин.

Канныкины — не дворянский род, а, скорее всего, потомки служилых людей, крестьян или казаков, получивших прозвище за боевой нрав или яркую внешность. Сегодня фамилия редкая, её носителей можно встретить в Пермском крае, Башкортостане и Оренбургской области.