Фамилия Каноныкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не прозвище, а должность. Корень «канонык» — это искажённое «каноник», то есть член капитула (собрания духовенства) при католическом соборе. В русской среде слово прижилось через польское или украинское посредство, где «канонік» означало священнослужителя определённого ранга. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Каноныкин — «сын каноника» или «человек из семьи каноника».

Интересно, что фамилия образована не от имени, а от профессии отца, причём профессии, нетипичной для православной Руси. Каноники — институт католической церкви, поэтому носители фамилии, скорее всего, происходят из западных или юго-западных регионов Российской империи: из Беларуси, Украины или Польши, где католическое духовенство было распространено. В великорусских губерниях фамилия почти не встречается — это маркер конфессионального и культурного пограничья.

Словообразовательная модель простая: основа «канонык» плюс суффикс -ин. Ударение, судя по написанию, падает на второй слог: Кано́ныкин. Встречаются варианты Каноников, Канонников, но Каноныкин — более точная фонетическая запись того, как произносили слово «каноник» в народной речи. Возможно, первоначально фамилия звучала как Каноников, а затем под влиянием аканья или диалектного произношения перешла в Каноныкин.

Сравнение с другими фамилиями на -ыкин (Попыкин, Дьячкин) подтверждает, что эта группа образовывалась от названий духовных лиц. Однако если Попыкин и Дьячкин — фамилии православного клира, то Каноныкин стоит особняком, указывая на католические корни рода. Это редкий пример, когда фамилия сохранила память о конфессиональной принадлежности предков, стёртой веками.

По сословной принадлежности предки Каноныкиных могли быть как самими канониками (в таком случае фамилия передавалась потомкам, которые не всегда шли по духовной линии), так и их детьми, получившими прозвание по отцу. В любом случае, фамилия не крестьянская и не дворянская в классическом смысле — она из среды городского или местечкового духовенства, что делает её ценной для генеалогического поиска.