Фамилия Кононыкин — один из тех редких случаев, когда суффикс подсказывает не только географию, но и социальный статус предка. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, образованных от полных форм имени (Кононов), и от фамилий на -ин, произведённых от имён на -а/-я (Кононин), здесь мы видим двойной суффикс -ын + -кин. Такая модель характерна для северных и центральных областей России, особенно для Вологодчины, Архангельской и Костромской губерний. Кононыкин буквально значит «внук (или потомок) Кононы», где Конона — это разговорная, обиходная форма канонического имени Конон.

Имя Конон — греческого происхождения (Konon), в святцах его связывают с мучеником Кононом Исаврийским, почитаемым на Руси. В народной среде имя быстро обрастало уменьшительными вариантами: Кононка, Кононя, Коноша. Форма Конона — как раз женский или ласкательный вариант, но в основе фамилии лежит не мать, а отчество от прозвища или внутрисемейного имени. То есть предка звали Конона (мужчина с таким обиходным именем), его сын стал Кононыч, а внук — Кононыкин. Такая цепочка характерна для крестьянских фамилий, которые закреплялись не сразу, а через два-три поколения.

Интересная деталь: фамилия Кононыкин не встречается в дворянских родословных книгах и не фиксируется среди купечества. Это чисто крестьянская фамилия, чаще всего — из среды черносошных (государственных) крестьян Севера. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти следы: в Вологодском уезде, например, жили Кононыкины, занимавшиеся земледелием и бортничеством. Суффикс -кин, а не -ов, указывает на то, что фамилия сложилась в среде, где отчество от имени на -а было нормой, а не исключением.

В написании фамилии возможны варианты: Кононыкин и изредка Кононикин (с путаницей в суффиксе). Но этимологически верна именно форма с двойным -ын-: она сохраняет память о промежуточном отчестве. Сегодня фамилия редкая, её носители рассеяны по России, но наибольшая концентрация по-прежнему в Вологодской и Архангельской областях. Если вы Кононыкин, ваши предки почти наверняка были крестьянами Русского Севера, а корень фамилии уходит в греческое имя, которое на русской почве превратилось в домашнее Конона.