Фамилия Кононихин происходит от одной из форм имени Конон — Конониха (этот вариант имени нередко встречался в среде уральских казаков). Само имя Конон имеет греческое происхождение и переводится как «трудящийся, трудолюбивый». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Конониха, со временем получил фамилию Кононихин.