Фамилия Кононихин образована по русской модели от прозвищной или обиходной формы имени Конон — Конониха. В основе лежит мужское имя Конон, которое пришло из греческого языка и означает «трудящийся», «трудолюбивый». Но если большинство фамилий на -ин образуется от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я (Илья — Ильин, Фома — Фомин), то здесь исходная форма необычна: Конониха — это не женское имя, а народный вариант мужского имени, характерный для говоров Урала и, по некоторым данным, для среды уральских казаков. Такая модель образования — от «материнской» или «жениной» формы имени через суффикс -их(а) — встречается реже, чем стандартные патронимы на -ов/-ев, и указывает на то, что предка в быту называли не просто Кононом, а именно Кононихой. В итоге фамилия Кононихин буквально означает «чей?» — сын Кононихи, то есть потомок человека, носившего это прозвище. Географически фамилия тяготеет к северным и уральским регионам, где такие «полуженские» формы имён были в ходу.