Фамилия Кононихин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Кононихин послужило церковное имя Конон. Фамилия Кононихин происходит от одной из форм имени Конон — Конониха (этот вариант имени нередко встречался в среде уральских казаков). Само имя Конон имеет греческое происхождение и переводится как «трудящийся, трудолюбивый». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Конониха, со временем получил фамилию Кононихин. О точном месте и времени возникновения фамилии Кононихин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Кононихин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.