Фамилия Кононюк образована от имени Конон, которое в старину было весьма распространено на Руси. Имя это греческое, в переводе означает «трудящийся, трудолюбивый». Ключ к пониманию географии фамилии — суффикс -юк. В украинской и польской ономастике он выполняет ту же роль, что русские -ов или -ин: указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?». Кононюк — буквально «сын Конона» или «потомок Конона». Этот суффикс характерен прежде всего для западных регионов Украины (Волынь, Подолье, Галичина), а также встречается в юго-восточной Польше. Таким образом, предки носителей фамилии с высокой вероятностью происходили из этих земель. В отличие от русских фамилий на -ов, которые часто закрепляли за крестьянами после отмены крепостного права, украинские фамилии на -юк складывались раньше и бытовали в среде казачества, мещан и крестьянства. Само имя Конон встречается в святцах, давая фамилии дополнительную христианскую основу, но народная этимология не связывала его с церковным контекстом — в быту Конон оставался просто «трудягой». Интересно, что в русских говорах имя иногда искажалось в «Канон», но фамилия Кононюк сохранила исходный вариант корня, что говорит о её книжном или церковном пути передачи в западнорусских землях.