Фамилия Кононов — одна из тех, что не требуют долгих разысканий о происхождении: её основа лежит на поверхности. В её центре — мужское крестильное имя Конон, которое пришло на Русь вместе с православием из Византии. Греческое слово «конон» означает «трудящийся, трудолюбивый». Смысл имени прямо указывал на добродетель, которую родители желали своему ребёнку, и, видимо, поэтому имя прижилось и стало довольно распространённым.

Церковный календарь знает нескольких святых с этим именем. Самый почитаемый из них — мученик Конон Исаврийский (память 18 марта). Согласно житию, он родился в селении Вифания рядом с малоазийским городом Исаврия и с юности пользовался особым покровительством Архистратига Михаила, который являлся ему и помогал в трудных обстоятельствах. Кроме него, известны преподобный Конон, игумен Пентукла (4 марта), преподобномученик Конон и его сын Конон (19 марта), а также мученик Конон Римлянин (18 июня). Именно религиозная традиция называть ребёнка в честь святого и обеспечила имени Конон долгую жизнь на русской почве.

Модель образования фамилии проста и типична для русского севера, центра и Поволжья: к основе имени добавили патронимический суффикс -ов. Кононов — буквально «сын Конона». В украинской традиции ту же функцию выполнял суффикс -ович, отсюда родственная фамилия Кононович, которая формировалась по той же схеме, но с другим окончанием.

Существует и альтернативная версия, связывающая фамилию с тюркскими корнями. Согласно ей, Кононов мог образоваться от тюркского слова «кон» — «красота». Эта гипотеза происходит из казанско-татарской среды, где подобные заимствования и переосмысления имён действительно встречались. Однако для русской ономастики она остаётся второстепенной: имя Конон в православных святцах и его греческая этимология дают гораздо более убедительное и прямое объяснение.

Встречающееся в некоторых источниках утверждение, что основатель рода Кононовых непременно был знатным человеком, — скорее, преувеличение. Фамилии на -ов в XVI–XVII веках действительно закреплялись сначала за служилым сословием, но это не значит, что каждый конкретный Кононов принадлежал к аристократии. Имя Конон носили и крестьяне, и посадские люди, и духовенство. Поэтому точнее говорить, что фамилия могла возникнуть в разных сословиях, а её повсеместная распространённость говорит лишь о популярности самого имени в старину.