Фамилия Кононов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Кононов послужило церковное имя Конон. Мужское крестильное имя Конон в переводе с греческого означает «трудящийся, трудолюбивый». В истории православия известно пять святых покровителей этого имени: преподобный Конон, игумен Пентукла (день его памяти приходится на 4 марта), мученик Конон Исаврийский (18 марта), преподобномученик Конон и сын его Конон (19 марта), а также мученик Конон Римлянин (18 июня). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Конон, со временем получил фамилию Кононов. О точном месте и времени возникновения фамилии Кононов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Кононов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.