Фамилия Кононыхин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Кононыхин послужило церковное имя Конон. Кононыхин — вариант фамилии Кононыкин. Она, в свою очередь, происходит от одной из форм имени Конон — Кононыка (этот вариант имени нередко встречался в среде уральских казаков). Само имя Конон имеет греческое происхождение и переводится как «трудящийся, трудолюбивый». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Кононыка, со временем получил фамилию Кононыхин. О точном месте и времени возникновения фамилии Кононыхин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Кононыхин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.