Фамилия Кононыхины — редкий вариант фамилии, образованной от имени Конон. В основе лежит не само церковное имя, а его особая народная форма — Кононыка. Если стандартная фамилия Кононов происходит напрямую от полного имени, то Кононыхин и его близкий родственник Кононыкин указывают на уменьшительно-ласкательный вариант, который бытовал в конкретной среде.

Самый интересный факт об этой фамилии — её связь с уральским казачеством. Форма Кононыка была особенно распространена среди уральских казаков, и именно от неё пошли фамилии на -ыкин и -ыхин. Такая модель образования (от формы на -ыка с последующим суффиксом -ин) встречается реже, чем стандартные -ов или -ев, и сразу выдает простонародное, а не книжное происхождение прозвища. Тот, кого в быту звали Кононыка, был человеком с именем Конон — греческим по происхождению, означающим «трудящийся» или «трудолюбивый».

Фамилия Кононыхины застыла в форме множественного числа, что типично для обозначения целого рода или семейства. Эта особенность написания (не Кононыхин, а Кононыхины) чаще встречается в документах, где речь идет о всей семье, и подчеркивает родовой характер фамилии. Точное время её возникновения установить трудно, но сам тип фамилии — от прозвищной формы на -ыка — относится к достаточно архаичным пластам русской ономастики, активно формировавшимся в XV–XVII веках.