Фамилия Кононина — женская форма, но в её основе лежит мужская фамилия Кононин. А та, в свою очередь, образована от имени Конон. Имя Конон — древнегреческое, от «конос» (конус) или, по другой версии, «конон» (победа). В святцах оно есть: память мученика Конона Исаврийского. На русской почве имя прижилось, хоть и не стало массовым, как Иван или Пётр. От него пошли фамилии Кононов, Кононенко, Кононович и, реже, Кононин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кононин — «чей?» — сын Конона. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на согласный или -а/-я. В отличие от фамилии Кононов (где суффикс -ов), форма на -ин встречается реже, но не является ошибкой или диалектным вариантом. Она могла возникнуть в говорах, где имя склоняли как «Конона» (родительный падеж — «сын Кононы»), либо от уменьшительной формы вроде Кононя.

Встречается фамилия Кононин в основном в центральных и северных областях России, а также в Поволжье. По данным переписей, она нечастотна: носителей можно пересчитать тысячами, а не десятками тысяч. Это значит, что большинство Конониных — потомки одного или нескольких родов, а не разрозненные носители из разных мест. Прозвище или ремесло здесь не при чём: корень чисто именной, без переносного смысла. Если ваш предок — Кононин, он с большой вероятностью был крестьянином или посадским человеком, получившим фамилию по имени отца, а не по профессии.