Фамилия Кононихина образована от одной из народных форм имени Конон — Конониха. Вопреки распространённому мнению, суффикс -их- здесь не указывает на принадлежность женщине, а является типичным для северных и уральских фамилий патронимическим формантом. Такие фамилии отвечали на вопрос «чей?» и буквально означали «сын Кононихи» — то есть человека, которого в быту звали Кононихой.

Само имя Конон имеет греческие корни и переводится как «трудящийся, трудолюбивый». Форма Конониха была особенно распространена среди уральских казаков — в среде, где полные имена часто заменяли обиходными вариантами. Это важная деталь: вопреки расхожему правилу, по которому полные имена носили представители знати, здесь мы видим обратную ситуацию. Конониха — не уменьшительное, а скорее уважительно-бытовое прозвище, закрепившееся за человеком из простого сословия, но пользовавшимся авторитетом в своей общине.

Фамилия древняя. В «Ономастиконе» С. Веселовского зафиксирован Кононихин Никифор Емельянович, 1596 год, Орел. Это одно из ранних свидетельств бытования фамилии в центральной России, задолго до её массового распространения на Урале. География показательная: орловский след говорит о том, что фамилия возникла не в казачьей среде, а пришла туда позже с переселенцами.

Женское окончание -а в современном написании (Кононихина) — грамматическая норма для фамилий этого типа в применении к женщинам. Мужской вариант — Кононихин. Встречаемость фамилии сегодня невысока, что типично для фамилий на -ихин: они редко выходили за пределы одного-двух уездов и не получили массового распространения в советское время.