Кононыхин — вариант фамилии Кононыкин. Она, в свою очередь, происходит от одной из форм имени Конон — Кононыка (этот вариант имени нередко встречался в среде уральских казаков). Само имя Конон имеет греческое происхождение и переводится как «трудящийся, трудолюбивый». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Кононыка, со временем получил фамилию Кононыхин.