Фамилия Каноник — редкий пример, где слово-основа сохранилось почти без изменений, а вот значений у него несколько, и все они связаны с церковной средой. Разобраться, какое из них стало прозвищем, помогает география: фамилия встречается в украинских и белорусских областях, где было сильно католическое влияние.

Самая прямая версия — от украинского «каноник» в значении «католический соборный священник». Это определённый сан, член капитула при кафедральном соборе. Так могли назвать либо самого священнослужителя, либо, что вероятнее, его работника или человека, жившего при костёле. Фамилии, образованные от названий духовных чинов без добавления суффикса, — явление нечастое, но встречающееся в западнорусских землях.

Вторая версия отталкивается от слова «канонник» — так называли богослужебную книгу с канонами и песнопениями. В этом случае прозвище мог получить человек, который читал эту книгу за службой, то есть церковный чтец или певчий. Такая модель прозвища по предмету, с которым человек постоянно имел дело, — обычное дело для русской ономастики.

Третья версия уводит в сторону характера. В словаре Даля «канон» — это и церковное установление, и хвалебная песнь. Отсюда прозвище Каноник могли дать человеку, который строго соблюдал все обряды, или, напротив, тому, кто отличался подобострастием — в народе иронично переносили церковные термины на бытовые черты.

Из трёх гипотез первая выглядит убедительнее: она объясняет, почему фамилия сохранила форму без суффикса, и привязывает её к конкретному социальному слою. Вторая и третья возможны, но менее вероятны — обычно прозвища по книгам давали с уменьшительными суффиксами, а перенос на характер скорее породил бы форму «Канонов» или «Канонников».