Фамилия Канонин — типичный пример того, как прозвище, данное по роду занятий, превратилось в наследственное родовое имя. Корень здесь — не канон и не церковное правило, а диалектное слово «канона», которое в некоторых говорах означало коноплю. Человек, которого прозвали Каноной, скорее всего, выращивал коноплю или занимался её обработкой: из стеблей получали пеньку — грубое волокно для канатов и верёвок. Прозвище приклеивалось к мастеру настолько прочно, что вытесняло крестильное имя, а затем по стандартной модели на -ин перешло к детям.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Канонин — это «сын Каноны». В русских фамилиях такая модель самая распространённая, но именно с основой «канона» она встречается редко. Гораздо чаще фамилии образовывали от «конопля» (Коноплёв, Коноплин, Коноплянников), а вариант с «канона» — локальное, возможно, северное или поволжское произношение.

Никакой связи с церковным каноном или греческим словом «канон» (правило) здесь нет — это случайное звуковое совпадение. Не стоит искать в фамилии Канонин следов духовного сословия: прозвище слишком приземлённое, ремесленное.

Точную дату возникновения фамилии назвать нельзя: письменные источники по крестьянским и посадским фамилиям появляются поздно, в основном с XVII–XVIII веков. Ясно одно: Канонины — не дворянский род, а потомки людей, чья жизнь была связана с коноплёй и пенькой. Если ваши предки носили эту фамилию, стоит искать их среди крестьян или ремесленников, работавших с техническими культурами.