Фамилия Канонина — одна из тех, что напрямую отсылает к занятию предка. В её основе лежит прозвище Канона, которое в русских говорах имело конкретное значение: «конопля». Человек, выращивавший коноплю или занимавшийся её обработкой, получал это прозвище. Из конопли тогда делали пеньку — грубое волокно, незаменимое для канатов и верёвок, так что дело было важное и распространённое.

Прозвище Канона относилось к разряду так называемых «профессиональных» имён. Оно закреплялось за человеком не по имени или внешности, а по роду занятий, и со временем вытесняло официальное имя в быту. Когда на Руси начали массово закрепляться фамилии, прозвище Канона дало основу для фамилии Канонин. Суффикс -ин указывал на принадлежность: «чей?» — Канонин, то есть сын или потомок Каноны.

Интересно, что фамилия Канонина — это женская форма, которая в документах встречается чаще мужской из-за особенностей учёта населения. Мужской вариант — Канонин — образован по той же модели. В отличие от многих фамилий, где возможны споры о происхождении (от имени или прозвища), здесь версия с коноплёй выглядит единственной убедительной. Связь с церковным каноном или греческими корнями маловероятна: слишком устойчиво диалектное значение слова «канона» как конопли, зафиксированное в словарях русских народных говоров.

Таким образом, фамилия Канонина хранит память о крестьянском или ремесленном прошлом: предки носителя этой фамилии, скорее всего, имели дело с коноплёй — от посева до изготовления пеньки.