Фамилия Каноникин — редкий пример того, как церковная должность стала прозвищем, а затем и фамилией. Её основа — слово «каноник». В православной традиции так называли члена кафедрального соборного духовенства, священника, состоящего при епископе и участвующего в богослужении по особому уставу (канону). В католической и униатской среде каноник — это звание, которое жаловали за заслуги, не обязательно связанное с настоящим служением в соборе. Но на русской почве слово прижилось именно в значении «соборный священник».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Каноникин — «сын каноника» или «человек из семьи каноника». Модель образования типична для русских фамилий от названий профессий и должностей: Попов, Дьяков, Пономарёв. Однако Каноникин стоит в этом ряду особняком: «каноник» — слово книжное, не бытовое. Оно проникло в русский язык через церковнославянский и греческий (от греч. κανονικός — «правильный, уставной»). В народной речи его могли переосмыслить, связав с «каноном» — церковным песнопением, поэтому в некоторых говорах «каноником» в шутку называли певчего или регента.

Географически фамилия редкая и встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, а также на Украине — в областях, где было сильно влияние униатства. Это заставляет предполагать, что часть носителей могла происходить из западнорусских земель, где «каноник» было не заимствованным, а живым словом для обозначения определённого церковного чина. В документах XVII–XVIII веков фамилия почти не фиксируется: она явно поздняя, скорее всего, оформилась уже после петровских реформ, когда духовенство стало активнее записывать фамилии по должностям.

Есть и другая, менее вероятная версия: от прозвища Каноник, которое могли дать человеку за приверженность к порядку, «каноническим» правилам или за дотошное следование уставу. Но она уступает основной — церковно-должностной, поскольку прозвища от книжных слов в крестьянской среде были редкостью.

Итак, предок носителя фамилии Каноникин с высокой долей вероятности был священнослужителем — каноником, то есть соборным иереем, а сама фамилия — напоминание о его месте в церковной иерархии, не самом низком, но и не самом высоком.