Фамилия Каныгин образована от прозвища Каныга. Согласно одной из гипотез, в его основе лежит нарицательное «каныга» — содержимое желудка жвачных животных; полужидкая зеленоватая масса, состоящая из частиц непереваренного корма. Вполне вероятно, что основатель рода Каныгиных занимался разделкой туш. Существует также предположение, что прозвище связано со словом «каньга», которое в сибирских говорах означает «краденное, воровское заводское железо». В таком случае прозвище мог носить нечистый на руку рабочий. Наконец, нельзя исключать связь прозвища с диалектным «канька» – «деревянная кружка, жбанок». Поэтому Каныгой могли называть человека, изготовлявшего эту деревянную посуду Уже в XV–XVI веках в среде богатых людей начинают закрепляться и передаваться из поколения в поколение фамилии, обозначающие принадлежность человека к конкретной семье. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Каныга, со временем получил фамилию Каныгин.