Фамилия Каныгин — классический пример русской фамилии, образовавшейся от личного прозвища. Она принадлежит к самому распространённому типу: к основе (прозвищу) добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — «Каныгин» — «сын Каныги»). Следовательно, в основе фамилии лежит прозвище Каныга.

Что значило это прозвище? Есть несколько версий, и ни одна не выглядит натянутой. Самая прямая: «каныга» — это содержимое желудка жвачных животных, полужидкая зеленоватая масса из непереваренного корма. Если прозвище пошло от этого слова, то прозвище мог получить человек, занятый разделкой туш и потрошением скота — профессия грубая, но в крестьянском быту обычная.

Вторая версия ведёт в Сибирь, где словом «каньга» называли краденое заводское железо. Здесь прозвище становится социальной характеристикой: нечистый на руку рабочий, мастеровой, промышляющий воровством на производстве. Такое прозвище могли дать за характер или за случай.

Третья гипотеза отсылает к диалектному «канька» — деревянная кружка, жбанок. В этом случае Каныгой называли бондаря или ремесленника, делавшего деревянную посуду. Все три версии правдоподобны, и выбрать одну без точных записей о первом носителе невозможно. Скорее всего, в разных родах Каныгиных прозвище возникло независимо и по разным причинам.

Фамилия закрепилась в XV–XVI веках, когда у богатых и служилых людей появилась потребность передавать родовое имя. Однако у крестьян фамилии вроде Каныгиных окончательно оформились позже, иногда только к XVIII–XIX векам. О точном месте возникновения сказать сложно: фамилия встречается в разных регионах, но её диалектные корни (сибирское «каньга» и общерусское «каныга») указывают скорее на северные и восточные области России.