Фамилия Карныгин образована от прозвища Карныга, и у этого прозвища есть несколько объяснений. Самое вероятное связано с диалектным словом «карный» — «малорослый, низкий, короткий». Карныгой могли назвать приземистого, невысокого человека. Эта версия опирается на живую народную традицию давать прозвища по внешним признакам.

Другая гипотеза выводит прозвище от глагола «карнать» — «обрезать, остригать, укорачивать». В таком случае Карныга — либо человек с коротко остриженными волосами, либо, шире, тот, кто этим занимался, то есть парикмахер или цирюльник. Третья версия связывает прозвище с существительным «карна» — так в старину называли кошель невода, часть рыболовной сети. Тогда Карныгой могли прозвать рыбака, и прозвище указывало бы на род занятий.

Выбрать одну версию сложно: все три лингвистически состоятельны, и в разных говорах прозвище могло возникать по разным причинам. Ясно одно — основа прозвища звучит в фамилии как Карныг-, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Карныгин, то есть сын или потомок Карныги. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я.

Фамилия редкая и географически привязана в основном к центральным и северным регионам России. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией или однокоренными прозвищами. Сословно предки Карныгиных, скорее всего, относились к крестьянству или ремесленникам — прозвище бытовое, не книжное, и не связано с духовенством или дворянством.