Фамилия Карныгин, вероятно, ведет свое начало от прозвища Карныга. По одной из версий, оно восходит к диалектному слову «карный», имевшему значение «малорослый, низкий, короткий». Следовательно, Карныгой могли прозвать приземистого, невысокого человека. По другой версии, в основе прозвища Карныга лежит глагол «карнать», то есть «обрезать, остригать, укорачивать». Можно предположить, что предок обладателя фамилии Карныгин носил короткие волосы или был парикмахером. Согласно еще одной гипотезе, прозвище Карныга связано с существительным «карна». Так в старину называли мешок невода, кошель. Поэтому не исключено, что Карныгой прозвали, например, рыбака. Так и прозвище Карныга закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Карныгин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Карныга, со временем получил фамилию Карныгин.