Фамилия Корныгин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а прозвище, связанное с конкретным физическим действием или манерой поведения. Если отбросить суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Корныги), остаётся корень «корныг-». Эта основа восходит к древнерусскому глаголу «корныгать» — то есть корчить, морщить, делать гримасы, а также, в переносном смысле, скупиться или жалеть каждую копейку.

В говорах северных и центральных губерний «корныга» — человек, который постоянно морщится, недоволен, либо тот, кто скряжничает. Прозвище давали по яркой внешней черте: либо по привычке кривить лицо, либо по скупому характеру. Второе значение подтверждается однокоренными словами: «корныжник» — скупой, «корныжить» — скупиться. Таким образом, первый носитель фамилии — некий Корныга, которого так прозвали соседи за его манеру морщиться или за излишнюю бережливость.

Суффикс -ин в фамилии указывает на патронимическую модель, типичную для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин образовывались от основ на -а, -я. В отличие от южнорусских фамилий на -ов, где основа чаще оканчивалась на твёрдый согласный, здесь мы видим именно эту северную черту. Интересно, что фамилия почти не встречается за пределами исконно русских областей — в основном в Костромской, Вологодской и Нижегородской губерниях, что подтверждает её диалектное происхождение.

В письменных источниках фамилия фиксируется с XVII века. В документах по городу Устюгу Великому встречается упоминание посадского человека Корныгина — скорее всего, ремесленника или мелкого торговца. Сословная принадлежность, судя по географии, была крестьянской или мещанской: дворянских родов Корныгиных в родословных книгах не числится.

Сравните с однокоренными фамилиями: Корнышев (от «корныш» — тот же скупой человек), Корнюхин (от «корнюха» — гримаса). Все они образованы от одного гнезда слов, но Корныгин выделяется именно глагольной основой, что делает её одной из самых «живых» по происхождению — она буквально описывает поведение предка.