Фамилия Качигина — женская форма фамилии Качигин, которая образована от прозвища Качига. В основе, скорее всего, лежит слово «качиг» — так в русских говорах называли излучину, крутой изгиб реки или мыс. Человек с таким прозвищем, вероятно, жил на берегу реки, у поворота русла, и получил именование по характерному месту жительства.

Есть и другая версия: прозвище могли дать по названию населённого пункта. В Качугском районе Иркутской области существовала деревня Качига. Если предок был оттуда родом или переехал, его могли прозвать по месту выхода — так в прошлом нередко закреплялись фамилии.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Качигин — «сын Качиги», «потомок Качиги». Форма Качигина — соответственно, «дочь» или «жена» Качигина.

Само слово «качиг» — редкое, диалектное. В ономастических словарях оно не фиксируется как распространённое, что делает фамилию локально привязанной, скорее всего, к восточнорусским или сибирским говорам. Связь с гидронимами и топонимами (речными изгибами и деревнями) — наиболее правдоподобное объяснение.