Фамилия Качигин образована от прозвища Качига, а та, в свою очередь, восходит к слову «качиг» — так в некоторых русских говорах называли излучину, изгиб реки или мыс. Человек с таким прозвищем, скорее всего, жил на берегу реки, у крутого поворота русла. Географические прозвища — один из древнейших способов идентификации человека: соседи легко запоминали того, кто поселился у заметной речной петли.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Качигин буквально означает «сын Качиги» или «человек из рода Качиги». Это типичная патронимическая модель для северных и центральных областей России, где -ин добавляли к основам на -а, -я.

Существует и альтернативная версия: прозвище могло произойти от названия населённого пункта. В Качугском районе Иркутской области действительно находилось селение Качига. Если предок носителя фамилии был выходцем оттуда, то прозвище закрепилось по месту прежнего жительства — распространённая практика в крестьянской среде XVII–XIX веков. Обе версии не противоречат друг другу: и в том, и в другом случае основа одна — топографическая или топонимическая.

Фамилия редкая, в списках массовых русских фамилий не встречается. Её однокоренные аналоги — Качугин, Качков — тоже немногочисленны и привязаны к тем же диалектным корням.