Фамилия Калигин — типичная русская фамилия, образованная с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Калигин буквально означает «сын Калиги» или «из семьи Калиги». В основе лежит прозвище или нецерковное имя Калига.

Самый прямой смысл прозвища Калига — башмак, сандалия или просто подошва. Так могли прозвать человека, который постоянно носил заметную, необычную обувь или, наоборот, ходил босиком. Но более вероятно, что прозвище относилось к роду занятий: Калигой в старину называли башмачника, сапожника, мастера по пошиву калиг. Это «профессиональное» прозвище — самая надёжная версия, поскольку ремесленные именования давались людям часто и прочно закреплялись за их потомками.

В русских говорах у слова «калига» было и другое значение — брюква. Поэтому существует и вторая, менее распространённая версия: прозвище Калига мог получить огородник, выращивавший этот корнеплод, или просто любитель каши из брюквы. Этот вариант — скорее местное, диалектное исключение, но сбрасывать его со счетов не стоит.

Фамилия Калигин встречается в основном в центральных и северных областях России. Её однокоренные «родственники» — Калигин, Калигинский, а также более редкая фамилия Калига. В дореволюционных переписях Калигины чаще всего записаны как крестьяне и мещане, что подтверждает ремесленное или земледельческое происхождение прозвища.