Фамилия Куалигин — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной расшифровке с первого взгляда. На слух она кажется иноязычной, но суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования: от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. Иными словами, предка звали Куалига.

Что стоит за этим прозвищем — вопрос более сложный. В русских говорах и документах слово «куалига» не фиксируется. Напрашивается связь с диалектным «кулига» — так в северных и сибирских областях называли расчищенный под пашню участок леса, пожню или сенокосный луг. Человек, живший на такой расчистке или владевший ею, мог получить прозвище Кулига, а его сын — стать Кулигиным. Фамилия Куалигин могла возникнуть из-за акающего произношения: в безударном положении «о» и «а» звучат одинаково, и на письме «Кулигин» превратился в «Куалигин». Такое искажение встречается в документах, особенно если фамилию записывали со слов малограмотного писаря.

Есть и другая версия, менее вероятная, но не исключённая. В некоторых тюркских языках есть корень «куал» или «куалых» со значением «сила», «мощь», «богатырь». Если предок был выходцем из татарской или башкирской среды, его могли прозвать Куалык, а русские соседи переделали прозвище в Куалига. Однако эта гипотеза не подкрепляется массовыми данными.

Географически фамилия Куалигин почти не встречается. Единичные носители зафиксированы в Поволжье и на Урале — в регионах, где были сильны как севернорусские диалектные традиции (с их «кулигами»), так и контакты с тюркским населением. Более точных сведений о сословной принадлежности или исторических корнях нет: фамилия настолько редкая, что не попала ни в сводные ономастические словари, ни в ревизские сказки центральных губерний. Скорее всего, это поздняя фамилия, закрепившаяся в одном-двух родах в XIX веке.