Фамилия Кулигин образована от прозвища Кулига. В основе лежит слово «кулига», которое в русских говорах имело сразу несколько значений. Самое распространённое — «участок земли, расчищенный под пашню»: крестьяне вырубали и выжигали лес, освобождая место для поля. Поэтому Кулигой могли прозвать человека, который занимался таким промыслом — расчищал землю, корчевал пни. Но были и другие смыслы: «клин земли, не вошедший в общий надел», «ровное безлесное место», «лужок на заводи», а также «стая птиц» или «кучка людей». В зависимости от местности прозвище могло указывать или на род занятий, или на место жительства — человека, жившего на таком отдалённом участке или у заливного луга.

Суффикс -ин в фамилии Кулигин указывает на типичную восточнославянскую модель образования: «чей?» — сын или потомок Кулиги. Такие фамилии чаще всего встречались в северных и центральных областях России, где было развито подсечное земледелие.

Одно из первых документальных упоминаний относится к 1630 году: в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского записан Кулигин Иван, посадский человек из Рузы. Посадские люди — это торгово-ремесленное население городов, то есть носитель фамилии уже в XVII веке был не крестьянином, а городским жителем. Это показывает, что фамилия не обязательно закрепилась за земледельцами — прозвище могло перейти в город вместе с человеком, который когда-то расчищал кулиги или жил на таком участке.

У фамилии есть однокоренные варианты: Куликов, Кулигин, Кулижников. Все они восходят к тому же корню «кулига», но различаются суффиксами и, возможно, региональной привязкой. Кулигин — одна из самых прозрачных по смыслу фамилий этой группы, потому что суффикс -ин прямо указывает на принадлежность конкретному человеку по прозвищу.