Фамилия Калигина образована от прозвища Калига. В основе лежит слово «калига» — так в древнерусском языке называли башмак, сандалию или просто подошву. Скорее всего, прозвище закрепилось за человеком, который либо постоянно носил такую обувь (возможно, выделяясь ею среди односельчан), либо занимался её изготовлением. Версия с башмачником — самая прямая и правдоподобная, она относит фамилию к «профессиональным» именованиям, где род занятий предка становился его уличным прозвищем, а затем и фамилией.

Есть и менее очевидный вариант. В некоторых северных и сибирских говорах калигой называли брюкву. Если предок выращивал этот корнеплод на продажу или просто очень любил кашу из брюквы, прозвище могло привязаться и к нему. Такая смысловая развилка — обувь или овощ — типична для народной этимологии, где одно и то же слово в разных регионах могло означать совершенно разные вещи.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Калигин, то есть сын или потомок Калиги. Форма Калигина — женский вариант той же фамилии. С точки зрения словообразования это рядовая, но не самая частая фамилия: прозвищ на -а, перешедших в фамилии, в русском языке меньше, чем на -о или согласный.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России, где слово «калига» в значении обуви или брюквы было в ходу. Фамилия не относится к дворянским или купеческим — скорее всего, это крестьянское или посадское прозвище, закрепившееся в документах XVII–XIX веков.