Фамилия Килигина — женская форма, а её мужской вариант — Килигин. Это типичная для русского севера и некоторых центральных областей фамилия, образованная от прозвища или имени через суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — «Килигин», то есть сын или потомок Килиги.

Ключ к пониманию фамилии — основа «Килиг-». Самое прямое объяснение лежит в диалектной лексике. В архангельских и вологодских говорах «килига» — это не просто бранное слово, а конкретное прозвище для неопрятного, грязного человека, неряхи. В некоторых местах так называли и сварливую, вздорную женщину. Вероятно, первый носитель фамилии получил такое прозвище за внешний вид или характер, и оно закрепилось за родом.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В тех же северных говорах «килига» могла означать и «кривой, согнутый человек» (от слова «кила» — грыжа, опухоль). Тогда прозвище могло указывать на физический недостаток — сутулость или хромоту. Однако первая версия (неряха) встречается в источниках чаще и считается основной.

Фамилия довольно редкая. Её география в основном привязана к бывшим территориям Вологодской и Архангельской губерний, а также к Сибири, куда переселенцы с севера уходили в XVII–XIX веках. Встречаются единичные случаи в Среднем Поволжье, но там фамилия могла возникнуть независимо от местного тюркского имени Килик (с арабским корнем «калб» — сердце), но это уже совсем другая история, и к русской фамилии Килигина она отношения не имеет.

В целом, фамилия Килигина — это яркий пример того, как нелестное бытовое прозвище, данное одному человеку, закрепилось в качестве родового имени и дошло до наших дней. Носители этой фамилии могут смело считать себя потомками людей из северорусской крестьянской среды, где подобные прозвища были обычным делом.