Фамилия Колигина — женская форма фамилии Колигин, и её разбор стоит начать с суффикса. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Колигин означает «сын Колиги» или, что вероятнее, «сын Колиги». Основа здесь — не имя Коля, как может показаться на первый взгляд, а прозвище или неканоническое имя Колига. В русских говорах слово «колига» имело несколько значений. В северных и сибирских диалектах так называли загон для скота, огороженное место, а также временное жильё в лесу — шалаш или балаган. В некоторых областях «колигой» могли назвать невысокого, коренастого человека, или, напротив, того, кто был «колигой» — то есть скупым, прижимистым (от «колить» — скупиться).

Таким образом, прозвище Колига мог получить либо человек, живший в отдалённом загоне или шалаше (пастух, лесник), либо обладатель соответствующего характера. В пользу бытового, а не именного происхождения говорит и редкость фамилии: если бы она велась от имени Николай (Коля), мы бы чаще встречали формы Колин или Колькин, а не Колигин. Вариант с корнем «кол-» (от «колоть») маловероятен, так как суффикс -иг- для таких основ нехарактерен.

Географически фамилия Колигин (и, соответственно, Колигина) встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях, что подтверждает связь с северными диалектами. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — вероятно, от прозвища, закрепившегося в одной или нескольких соседних деревнях. Носительницы фамилии Колигина могут считать, что их предки были людьми, связанными с лесным хозяйством или скотоводством, либо же просто обладали яркой чертой характера, которая запомнилась окружающим и перешла в фамилию.