Фамилия Колигиянец — редкая, и её разбор требует внимания к суффиксу и возможной географической привязке. На слух она звучит как «иностранец» или «беженец», но корень здесь другой. Основа фамилии — «Колигиян» или «Колигия». Суффикс «-ец» в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность к месту или группе: так образовывали прозвища для выходцев из определённой местности (ср. Тамбовец, Рязанец, Вологжанец). Значит, Колигиянец — это «человек из Колигии» или «тот, кто связан с Колигией».

Что такое «Колигия»? Самая прямая версия — это искажённое «коллегия» (от лат. collegium — товарищество, союз). В дореволюционной России словом «коллегия» называли учебные заведения (духовные коллегии, коллегиумы) или административные учреждения (коллегии при Петре I). Фамилия могла возникнуть как прозвище ученика или служащего такой коллегии. Например, сына учителя духовной семинарии могли прозвать «Колигиянец» — то есть «коллегианец», «учащийся коллегиума». Со временем буква «е» перешла в «и» под влиянием акающего произношения или просто при записи фамилии на слух.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с украинским или польским словом «колегія» (товарищество, братство). В Западной Украине и Беларуси существовали так называемые «колегії» — объединения ремесленников или студентов. Фамилия Колигиянец могла закрепиться за членом такого братства. Эта версия подкрепляется тем, что суффикс «-ец» очень характерен для украинских и польских фамилий (Ковалец, Пилипец). Однако написание через «и» (а не «е») сближает фамилию скорее с великорусской традицией записи.

В написании фамилии есть особенность: ударение, скорее всего, падает на третий слог — Колигия́нец. Это типично для слов с суффиксом «-янец» (ср. христиа́нец, египтя́нец). Фамилия очень редкая, в современных телефонных справочниках и базах данных она практически не встречается, что говорит о её локальном происхождении — возможно, в одной-двух деревнях или среди потомков одного конкретного коллегианта.