Фамилия Качугина — женская форма, а мужская, Качугин, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Качугин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Качуга. Основа фамилии — слово «качуга», которое в русских говорах имело несколько значений, и разобраться в них — ключ к происхождению.

Самое вероятное объяснение лежит в сфере ремёсел и быта. В диалектах, особенно северных и сибирских, «качуга» — это вид лодки-долблёнки, выдолбленной из цельного ствола дерева. Человек, который делал такие лодки или промышлял на них рыбной ловлей, мог получить прозвище Качуга. Со временем это прозвище закрепилось за его детьми как фамилия. В этом случае предок Качугиных — лодочник или рыбак, и фамилия несёт прямую профессиональную отсылку.

Вторая версия, менее распространённая, связывает «качугу» с диалектным глаголом «качать» или «качугать» — то есть раскачивать, шатать, а также, в некоторых говорах, — ходить вразвалку. Тогда прозвище Качуга могли дать человеку с характерной походкой или непоседливому, «качливому» нраву. Эта гипотеза правдоподобна, но уступает первой по конкретности: прозвища по походке встречаются реже, чем по занятию.

Третья, совсем редкая возможность — связь с тюркскими языками, где корень «кач-» означает «убегать» или «избегать». Однако для фамилии, закрепившейся в центральной России и Поволжье, такое заимствование маловероятно без дополнительных исторических свидетельств. Скорее всего, Качугины — исконно русская фамилия, образованная от местного слова, и её носители были либо мастерами-лодочниками, либо людьми с заметной, «качающейся» походкой. Выбор между этими версиями остаётся за семейным преданием, если оно сохранилось.