Фамилия Качугин образована по продуктивной модели с суффиксом -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «сын Качуги». Но чтобы понять корень, нужно разобраться, что скрывается за основой «Качуг». Здесь возможны два основных пути, и оба ведут в географию.

Первый и самый вероятный вариант — топонимический. Фамилия могла возникнуть от названия посёлка Качуг в Иркутской области, стоящего на реке Лене. Житель этого села или выходец оттуда получал прозвище Качуг, а его потомки становились Качугиными. Название самого посёлка, по одной из версий, происходит от эвенкийского «качу» — «кривой, изогнутый», что описывает излучину реки. В этом случае фамилия несёт чёткую региональную привязку к Сибири, к зоне освоения и переселений XVII–XIX веков.

Второй вариант — диалектное прозвище. В русских говорах слово «качуга» могло означать «кочка, бугор» или «высокий берег». Человека с таким прозвищем могли назвать по месту жительства на возвышенности или по внешней особенности — например, сутулости, напоминающей кочку. В пользу этой версии говорит то, что фамилия встречается не только в Сибири, но и в центральных областях России, где топоним Качуг неизвестен.

Словообразовательная модель проста: основа «Качуг» плюс патронимический суффикс -ин. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от мужских имён и прозвищ на твёрдый согласный, -ин характерен для основ на -а, -я. Здесь же основа оканчивается на заднеязычный г, но в живой речи XIX века это не было препятствием — формы вроде «Качугин» фиксировались наравне с «Качугов», хотя последняя встречается реже.

Социальный состав носителей фамилии неоднороден. В переписях XIX века Качугины записаны и среди крестьян Вологодской губернии, и среди мещан Иркутска, что подтверждает обе версии происхождения. Фамилия не дворянская, не купеческая — типичная для простых сословий, где прозвище или место рождения закреплялись за родом.

Стоит упомянуть редкое написание с двойным «г» — Качуггин, которое встречается в единичных документах. Это, скорее всего, описка или влияние финно-угорских языковых моделей, где удвоение согласных несёт смысловую нагрузку, но для русской ономастики это исключение, не меняющее сути.