Фамилия Качунин — яркий пример того, как прозвище, данное одному человеку, закрепилось за его потомками в форме притяжательного прилагательного. В основе фамилии лежит прозвище Качуня. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Качунин», то есть сын или потомок Качуни.

Прозвище Качуня, скорее всего, образовано от глагола «качать». В русских говорах «качуня» или «качун» могло означать человека, который любит качаться, шатается при ходьбе, или же того, кто «качает» права, то есть задиру и буяна. Вторая версия — происхождение от диалектного слова «качун» в значении «зыбка, колыбель». Так могли прозвать того, кто делает колыбели, или же самого младшего, «качунного» ребёнка в семье, которого чаще других укачивали.

Менее вероятна, но возможна связь с южнославянским словом «качун» — так в некоторых областях называют рождественский обрядовый хлеб или полено. Однако для русской фамилии эта версия экзотична, хотя и не исключена, если предки переселились из южнославянских земель.

Словообразовательная модель фамилии указывает на её древнее происхождение — такие «именные» фамилии на -ин активно формировались в XV–XVII веках в среде крестьян и посадских людей. В отличие от дворянских фамилий на -ский, Качунин — типичная «бытовая» фамилия, которая возникла в гуще народа и передавалась по мужской линии.

Встречается фамилия в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Ростовской и Воронежской областях, что косвенно подтверждает её связь с южнорусскими говорами, где слово «качуня» было в ходу.