Какуней могли прозвать человека, часто задающего вопрос “как”, либо имеющего в своем лексиконе аналогичное слово-паразит. В результате, потомки человека, обладающего прозвищем Какуней, со временем получили фамилию Какунин. Основой фамилии Какунин послужило мирское имя Какуня. Фамилия Какунин восходит к нецерковному имени Какуня. Возможно, оно образовано от диалектного названия окуня – какунь. Согласно другой версии, это имя восходит к слову «какушка» - «дикая спаржа». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Какуня, со временем получил фамилию Какунин.