Фамилия Какунов, на первый взгляд, звучит необычно, но её происхождение укладывается в несколько типичных для русской ономастики моделей. В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Какун. Слово «какун» в русских говорах имеет два основных значения, и оба могли дать начало фамилии.

Первое и наиболее вероятное значение связано с диалектным глаголом «какать» — в старину так называли не только то, что мы понимаем сейчас, но и процесс пачкания, марания. Прозвище Какун могли дать неопрятному, неряшливому человеку. Второе значение, зафиксированное в псковских и тверских говорах, — «петух». Здесь прослеживается звукоподражательная основа: «ку-ка-ре-ку» превратилось в «какун». В этом случае прозвище мог получить голосистый, задиристый или просто любитель вставать рано человек.

Морфологически фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Какун добавлен патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Какунов сын). Таким образом, первый носитель фамилии — это сын человека по прозвищу Какун.

Интересно, что фамилия Какунов встречается довольно редко, что говорит о её локальном происхождении. Сравните с однокоренными, но более частыми фамилиями: Какурин (от Какура, уменьшительного от того же корня) или Какушин. Если бы в основе лежало слово «какао» или что-то иноязычное, фамилия выглядела бы иначе — но в русской ономастике такие экзотические версии не подтверждаются. Скорее всего, предки современных Какуновых жили в северо-западных или центральных областях России, где бытовали соответствующие говоры, и получили фамилию по характерной черте характера или поведения.