Фамилия Какунины образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — сын Какуни. Основа — личное прозвище Какуня. Такая модель типична для фамилий, возникших из бытовых прозвищ в XV–XVII веках.

Само прозвище Какуня, скорее всего, дали человеку по речевой особенности: он часто повторял вопросительное «как?» или вставлял его как слово-паразит. В русских говорах существовали и похожие прозвища на -уня (Болтуня, Ворчуня), так что Какуня — не единичный случай. Менее вероятная версия связывает прозвище с диалектным глаголом «какать» (пачкать, делать небрежно), но она слабее, так как в ономастике речевые прозвища встречаются чаще, чем глагольные, и лучше объясняют форму на -уня.

Фамилия редкая. В дореволюционных источниках она почти не встречается, что указывает на позднее оформление или локальное бытование. Основная масса носителей, по данным современных телефонных справочников, сосредоточена в Центральной России и Поволжье — регионах, где фамилии на -ин особенно распространены. Сословно Какунины могли быть крестьянами или мещанами: дворянские роды с такой фамилией в «Бархатной книге» и «Общем гербовнике» не числятся.

Интересная деталь: в некоторых переписях XIX века встречается вариант написания «Кокунин» (через «о»), что отражает акающее произношение. Это ещё раз подтверждает, что фамилия формировалась в устной среде, а не через книжную фиксацию.