Фамилия Какунга — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно русскими корнями. В русском языке нет слов «какунга» или близких по звучанию, а суффикс -нга совершенно нехарактерен для восточнославянских фамильных моделей. Поэтому первое, что приходит в голову: это «географическая» фамилия, то есть образованная от названия места.

Скорее всего, Какунга — это русифицированная форма африканской или азиатской фамилии. В Анголе, например, существует город Какунга (Cacunga), а в некоторых языках банту слово «какунга» может означать «маленький колокольчик» или быть частью имени. В Индонезии тоже встречается топоним Kakung. Если предки носителя фамилии были выходцами из этих регионов, то при переезде в Россию или на Украину фамилию могли записать на слух, без перевода, и она закрепилась в неизменном виде.

Другая, менее вероятная, версия — искусственное происхождение. В советское время у детей из интернатов или приёмных семей иногда возникали фамилии, составленные из случайных слогов или аббревиатур. Какунга могла быть образована от первых букв имён родителей (например, Ка-Ку-Н-Га) или от названия организации. Но эта гипотеза слабая, так как подобные конструкции обычно имеют более прозрачную структуру.

География фамилии сегодня — единичные случаи в России, на Украине и в Беларуси. Встретить её можно крайне редко, и каждый такой случай, скорее всего, ведёт к конкретной семейной истории, связанной с миграцией XX века. Суффикс -а в конце указывает на то, что фамилия склоняется по женскому роду (Какунга — Какунги — Какунге), хотя носителем может быть и мужчина.

Однозначного ответа на вопрос о значении нет: без точного знания языка-источника (португальского, одного из языков банту или индонезийского) можно только гадать. Но ясно одно: это не прозвище по профессии или внешности, а принесённое из другой культуры имя, которое стало фамилией на новой земле.